La IgA nefropatia (IgAN) è una malattia multifattoriale complessa caratterizzata da diversi fattori genetici che possono influenzarne la patogenesi. In questo contesto, un ruolo interessante potrebbe essere attribuito alle variazioni nel numero di copie di specifiche sequenze di DNA (CNV). Scopo dello studio è stato quello di identificare le varianti CNV nei pazienti IgAN.
Abbiamo effettuato lo screening di CNV nell'intero genoma di 51 pazienti IgAN, 166 familiari sani ed 89 soggetti sani non correlati. Sono stati utilizzati chip Illumina HumanCytoSNP-12 per la genotipizzazione ed un nuovo approccio statistico che identifica aberrazioni concordi su più campioni. Il CNV contenente il TLR9 è stato validato con saggi in Real-Time in 51 pazienti IgAN, 106 familiari e 77 soggetti sani di origine Italiana ed in una coorte indipendente di origine Greca di 57 pazienti IgAN, 28 familiari e 20 soggetti sani non correlati.
Sono stati individuati 148 CNV specifici dell’ IgAN, alcuni dei quali sono coincidenti con regioni identificate da precedenti studi genetici di linkage. L’analisi bioinformatica ha evidenziato, tra gli altri, un CNV sul cromosoma 3 contenente il gene TLR9: i pazienti IgAN con funzionalità renale deteriorata avevano un basso numero di copie di questo CNV. Inoltre, in questi pazienti l'espressione genica del TLR9 era bassa e significativamente correlata con l'aberrazione. Al contrario, i pazienti IgAN con funzione renale normale non avevano questa aberrazione e l’mRNA del TLR9 era espresso allo stesso livello dei soggetti sani. Questi risultati sono stati confermati anche nella coorte greca.
Questo è il primo studio genome-wide dei CNV effettuato nei pazienti con IgAN. Esso ha permesso di individuare una serie di varianti strutturali utili per la comprensione a livello genetico della malattia. Inoltre, abbiamo evidenziato un'aberrazione in 3p21.1 che influenza l’espressione del TLR9 e che potrebbe contribuire al deterioramento della funzione renale nei pazienti IgAN.
