La IgA nefropatia (IgAN) è la forma più diffusa di glomerulonefrite primitiva a livello mondiale. La sua patogenesi sembra avere una forte componente genetica. In questo scenario anche la metilazione del DNA può costituire un importante fattore che influenza la malattia. Scopo dello studio è stato identificare regioni metilate in maniera anomala nei linfociti T CD4+ di pazienti con IgAN.
L’analisi di metilazione genome-wide è stata condotta su DNA estratto da linfociti T CD4+ isolati da 6 pazienti IgAN e 6 soggetti sani (HS) utilizzando lo Human-Methylation450 BeadChip (Illumina). I siti metilati sono stati validati su un gruppo indipendente di 20 pazienti IgAN e 20 HS mediante Pyrosequencing, studi funzionali con 5-aza-2'-deoxycytidine e MSP RT-PCR. Inoltre è stata verificata la corrispondenza fra lo stato di metilazione e l’espressione dei geni mediante Real-time PCR.
Sono stati identificati 171 siti CpG differenzialmente metilati con un Δβ> 0.2 e un FDR<0.05. Nei pazienti IgAN 95 siti CpG risultavano essere ipometilati e 76 ipermetilati. Sono state identificate 161 regioni “tiling” (finestre di 5 Kb), 12 promotori, 12 geni, e 5 isole CpG differenzialmente metilate. In particolare è stata individuata una regione ipermetilata contenente il gene codificante per il precursore del miR-886 e due regioni ipometilate comprendenti i geni TRIM27 e DUSP3, facenti parte della pathway del T cell receptor (TCR) signaling. I risultati dimostrano che nei pazienti IgAN la aberrante metilazione di queste regioni induce una disregolazione di questi geni. Inoltre l’ipermetilazione del precursore del miR-886 induce una minore attivazione e proliferazione dei linfociti T CD4+ e una iper-espressione del TGFβ1.
Per la prima volta, sono stati identificate nei pazienti IgAN delle regioni, metilate in maniera anomala, che sono responsabili della disregolazione di 3 geni implicati nel TCR signaling e che portano ad una atipica attivazione dei linfociti T CD4+ nei pazienti IgAN.
