Tra i diversi calcoli renali quelli “molli” o “di matrice” sono molto rari. Essi sono costituiti da una sostanza mucosa, elastica, amorfa e radiolucente per la scarsa se non nulla componente minerale. Allo scopo di comprenderne la patogenesi abbiamo identificato le proteine che li compongono con un’analisi del profilo proteomico di 5 calcoli avvalendoci di due diversi approcci proteomici complementari: top-down and bottom-up.
Con la collaborazione di centri a Padova, Londra e Dubai sono stati individuati 4 pazienti dai quali sono stati rimossi chirurgicamente 5 calcoli (una paz ha fornito 2 calcoli in tempi diversi).
Nella strategia top-down le proteine sono state estratte dai calcoli con una soluzione acidica/aceto nitrile, separate e analizzate come proteine e peptidi non denaturati utilizzando una colonna C8 HPLC accoppiata ad uno strumento ESI-LTQ-Orbitrap-tandem mass spectrometry (MS/MS).
Nell’approccio bottom-up i campioni sono stati trattati con un tampone fortemente denaturante per omogeneizzarli e sonicarli. Dopo separazione con SDS-PAGE monodimensionale e tripsinizzazione i campioni erano analizzati in cromatografia liquida C18 e con ESI-LTQ-Orbitrap MS/MS.
Nei 5 campioni sono state complessivamente identificate 142 proteine e peptidi non ridondanti. Tra queste la defensina 1 neutrofilica, e le proteine S100-A8 and S100-A9 costituivano la componete principale di questi calcoli. Anche importante era la presenza di timosina beta-4, le proteoforme eterodimeriche, troncate, ossidate, fosforilate e acetilate di S100-A8/S100-A9, nonché granuline, e ubiquitina.
I due diversi approcci proteomici ha permeso l’identificazione di proteine e le loro forme modificate post-translazionalmente consentendo di comprendere la composizione e l’origine di questi calcoli. La notevole rappresentazione di molecole infiammatorie suggerisce che un processo infiammatorio sia l’evento iniziale nella formazione dei calcoli molli e non la sua conseguenza. Inoltre, le modificazioni post-translazionali di S100-A8 e A9 nonché la presenza di timosina beta-4, granuline, ubiquitina depongono per l’intervento della immunità innata e di una vigorosa risposta contro-infiammatoria.
